Die Sicherheitsprozesse des Flughafens Genf erfüllen die Anforderungen der European Aviation Safety Agency (EASA). Das Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) hat der Betreibergesellschaft Aéroport International de Genève (AIG) das entsprechende Zertifikat erteilt. Die EASA hat von der EU-Kommission den Auftrag erhalten, für einheitliche und verbindliche Vorgaben in Sachen Sicherheit in der europäischen Luftfahrt zu sorgen und hat zu diesem Zweck in der EU-Verordnung Nr. 139/2014 die Vorgaben für Organisation, Betrieb und Infrastruktur von Flugplätzen im Geltungsbereich der EASA festgelegt.
Diese Vorgaben definieren beispielweise, wie ein Flugplatz die Betankung der Flugzeuge, den Einsatz der Feuerwehr, die regelmäßige Zustandskontrolle von Pisten und Anflugbefeuerung sowie die Schneeräumung zu organisieren hat. Durch die Teilnahme der Schweiz an der EASA sind auch die Flugplätze Zürich, Genf, Bern, Lugano und St. Gallen-Altenrhein von den entsprechenden Vorgaben betroffen. Das BAZL überprüft in einem mehrtägigen Audit, ob die beschriebenen Sicherheitsprozesse den Vorgaben entsprechen und ob diese vom Flugplatzhalter wie beschrieben angewendet werden.
Der Flughafen Genf ist der erste Flughafen der Schweiz, welcher ein EASA-Zertikat erhält. Die Flugplätze Zürich, Bern, Lugano und St. Gallen-Altenrhein werden bis Ende 2017 ebenfalls gemäß den Vorgaben der EASA zertifiziert. Die Regionalflugplätze Sion, Grenchen, Les Eplatures, Samedan, Ecuvillens, Lausanne, Birrfeld und Bressaucourt werden weiterhin nach den Vorgaben der International Civil Aviation Authority (ICAO) zertifiziert.